Por ter vencido na partida de ida por 2x1, os tricolores entraram acomodado e perderam em casa deram adeus, a competição nacional.Santa Cruz perde em casa para o Penarol-AM e é eliminado na primeira fase da Copa do Brasil.No estádio do Arruda, a equipe do Santa Cruz não se encontrou em campo e foi derrotado pelo Penarol-AM por 3 a 2 e foi eliminado ainda na primeira fase da Copa do Brasil 2012. Os gols foram anotados por Dênis Marques e Memo para o time Tricolor, mas, Marinelson, Fábio Bala e Rondinelli fizeram os gols que classificou a equipe amazonense.Na próxima fase do torneio, o Penarol irá enfrentar o vencedor do confronto entre CENE-MT e Atlético-MG. Neste semestre resta ao Santa Cruz tentar o bicampeonato do campeonato estadual e o Campeonato Brasileiro Série C no segundo semestre.
